Es hätte anders kommen können: Zur umkämpften Zukunft der Kirchenruine in der Nachkriegszeit und zur Entstehung des ikonischen Gebäudeensembles.
Im Zuge des Krieges gegen Nazi-Deutschland wurde Berlin am Abend des 22. November 1943 so stark bombardiert wie nie zuvor. Die Bomben der britischen Luftwaffe trafen dabei auch die Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche, die stark beschädigt und unbenutzbar wurde. Bis zum Kriegsende kamen noch weitere Schäden hinzu. Das Ausmaß der Zerstörung war enorm. Der ausgebrannte Kirchenraum lag in Trümmern. Das Dach und die mit Mosaiken geschmückten Gewölbe, die ihn einst überspannten, waren eingestürzt. Die ruinösen Außenmauern standen allerdings noch in unterschiedlicher Höhe.
Im östlichen Bereich der einstigen Prachtkirche war der Chor mit den beiden Seitentürmen trotz starker Beschädigung in Grundzügen erhalten. Am anderen Ende erhob sich weiterhin der ursprünglich 113 m hohe Hauptturm, dessen Spitze in erheblichem Maße weggebrochen war. Durch die zerbrochene Silhouette erhielt der nun 71 m hohe Ruinenturm den Spitznamen "Hohler Zahn". Die üppigen Mosaike und Skulpturen der Eingangshalle im Erdgeschoss der Turmruine waren trotz zahlreichen Schäden relativ gut erhalten.