Das beabsichtigte Baugebiet war der Bereich der Turmruine und westlich davon. Östlicherseits war eine große Verkehrskreuzung geplant, was den Abriss der Chorruine 1956-57 zur Folge hatte.

Die Art und Weise, wie mit der Turmruine, dem nun einzigen Relikt der alten Kirche, zu verfahren ist, wurde im Wettbewerb offen gelassen. Festgelegt war lediglich, dass ein Kirchenturm weiterhin auf dem Standort der Turmruine stehen soll. Verbindliche Vorgaben zur Form des zukünftigen Turms fehlten grundsätzlich. Ein breites Spektrum an Ansätzen war möglich: vom Erhalt des alten Turms über seine Umgestaltung bis hin zu seinem Ersatz durch einen gänzlich neuen Baukörper.

Das Ergebnis: Sechs der neun teilnehmenden Architekten hatten vor, die Turmruine in dieser oder jener Form in ein neues Kirchenensemble einzubeziehen, während die restlichen drei deren Abriss planten. Zu diesen gehörte Egon Eiermann (1904-1970), ein prominenter Vertreter der Nachkriegsmoderne, der im Karlsruhe der Nachkriegszeit ein angesehenes Architekturbüro betrieb und an der dortigen Technischen Hochschule Architektur unterrichtete. Im März 1957 wurde Eiermanns Wettbewerbsbeitrag zur Ausführung bestimmt.

Wäre dieser Entwurf umgesetzt worden, wäre das Ensemble der Gedächtniskirche heute ein wesentlich anderer Ort: ohne die Turmruine, nur aus schlichten Neubauten bestehend. Eine rechteckige Kirche stünde in der Mitte, westlich davon eine rechteckige Kapelle, im Südosten ein rechteckiger Glockenturm. Ein direkter Bezugspunkt für die Kirche und den Glockenturm, einschließlich deren Fassaden mit rasterförmigen Glasfenstern, war Eiermanns erster Kirchenbau, die Mätthauskirche in der baden-württembergischen Stadt Pforzheim aus den frühen 1950er Jahren. Ähnlich wie in Pforzheim sollte das Ensemble eine diskrete Erinnerung an die Kriegszerstörung enthalten und zwar durch den sichtbaren Einsatz vom Abbruchmaterial der alten Kirche im Neubau.

Der Siegerentwurf stieß allerdings unverzüglich auf deutliche Ablehnung in der Berliner Öffentlichkeit. Die Kritik richtete sich vor allem gegen den geplanten Abriss der Turmruine. Die Ruine, so der Tenor, müsse bleiben, da sie einen besonderen Stellenwert im kollektiven Bewusstsein und Gedächtnis der Berliner Bevölkerung habe: als Erinnerung an das alte Berlin, als Wahrzeichen des nachkriegszeitlichen West-Berlins und als Kriegsmahmal.

Der Wille der Berlinerinnen und Berliner zum Wachhalten der Erinnerung hing dabei mit den gedenkpolitischen Grundhaltungen jener Zeit zusammen und war geprägt von dem Empfinden der eigenen Opferrolle. So sollte die Ruine vor allem vom eigenen Leid im Krieg zeugen, ein Ausdruck der Gleichmachung mit den Opfern des NS-Regimes, die aus der Perspektive der heutigen Erinnerungskultur befremdlich wirkt. 

Der medienwirksame Einsatz für den Erhalt der Turmruine erntete schnellen Erfolg. Weniger als eine Woche nach der Bekanntmachung des Wettbewerbsergebnisses forderte das Kuratorium der Stiftung KWG Eiermann dazu auf, seinen Entwurf zu überarbeiten und die Turmruine einzubeziehen. Eiermann stellte sich der neuen Aufgabe und der Konzeptualisierungs- und Umsetzungsprozess entwickelte sich allmählich hin zum ikonischen Gebäudeensemble, das wir kennen.