Freistehend vor den Oktogonwänden wurde die Orgelempore in einer Stahlkonstruktion errichtet. Die Seitenansicht der Konstruktion oberhalb der Treppenaufgänge assoziiert einen in Anbetung knieenden Menschen und korrespondiert mit dem Vordach vor dem Haupteingang.
Die nebenstehende Entwurfszeichnung sah noch Flügeltüren vor der Orgel vor. Prof. Ernst Bittcher hat in dieser Zeichnung anlässlich seines Vortrages am 21.9.2005 über den Bau der Orgel und seine Begegnungen mit Egon Eiermann nachträgliche Kolorierungen zur erleichterten Illustration angebracht.
Unter dem durch ihre Stahlstützen begrenzten Teil der Orgelempore befindet sich mit einem Windfang der Eingangsbereich der Kirche zwischen Außentür und den Glastüren zum Innenraum. Die Orgelempore ragt mit elegantem Schwung wie ein Balkon weit in den Kirchenraum hinein.
Die Orgel wurde von der „Firma Schuke Berliner Orgelbau“ gebaut, nach der Einweihung der Kirche 1962 fertiggestellt, 2005 saniert und hat eine mechanische Traktur, 4 Manuale, 1 Pedal, 64 Register, 5000 Pfeifen und 256 wählbare Registerkombinationen, die sich elektronisch abrufen und durch ein Diskettenlaufwerk noch vervielfachen lassen.
 Von der unteren Ebene der Orgelempore, die einem kleineren Orchester Raum bietet, steigen die Stufen der Chorpodeste zur Orgel empor. Von hier aus singen die Chöre während der Gottesdienste. Hier finden auch das Bach-Collegium und der Bach-Chor während der Aufführung der Bach-Kantaten Platz. Die Orgel wurde in fester Verbindung mit der Orgelempore errichtet. Egon Eiermann nahm auch auf die äußere Gestaltung der Orgel starken Einfluss. Die spanischen Trompeten gehen auf einen Urlaubsaufenthalt Eiermanns auf Mallorca zurück. Bei einer Orgel in Palma hatte er spanische Trompeten gesehen. Solche „Ottos“ wünschte er auch für die Orgel der Kaiser-Wilhelm-Gedächtnis-Kirche!
Der Realisierung dieses Wunsches waren dann Planungsänderungen der Orgelbaufirma Karl-Schuke geschuldet. Ansonsten überließ Eiermann die Klanggestaltung der Orgel aber den Fachleuten. Dem Orgelsachverständigen Reda übermittelte Pfarrer Pohl mit der schriftlichen Bestätigung seiner Ernennung:
„Es ist aber die Bitte des Kuratoriums, dass Sie auch bei Ihrer Disposition das berücksichtigen möchten,…. nämlich auch solche Register zu schaffen, die einen weisen, feierlichen andachtsmäßigen Charakter tragen…. Seine Kaiserliche Hoheit, Prinz Louis Ferdinand von Preußen, war es, der darum bat, das auch Register mit romatischem Klangcharakter enthalten sein möchten…. Es wäre sehr schön, wenn der Charakter der Orgel dem gedämpften Licht, das wir durch unsere besondere Verglasung, die in blauen Tönen gehalten ist, entsprechend erreichten, dass eine Sinfonie von Klang, Atrmospäre und Farbe entsteht.“ |